化学与环境工程系是2018年在原理学系部分学科和专业的基础上、整合学院各方相关的师资力量而成立。现有一些学科专业可追溯到上世纪八十年代巴盟教育学院生化系所设立。

化学与环境工程系成立以来，根据学院的发展定位和指导思想，按照学院制定的“依靠地方，强化应用，注重服务，建设地方性、应用型、服务型高校”的发展思路，围绕提升人才培养质量这个核心，根据地区产业发展的需要及技术发展趋势，在建设好原有的本科“应用化学专业”和“化学工程与工艺专业”基础上，积极吸纳教师、建设实验室、新建了环境科学与工程和环境生态工程2个本科专业。2022年9月成立了化工新能源现代产业学院，是河套学院第一批成立的现代产业学院。合作企业有内蒙古鄂尔多斯电力冶金集团股份有限公司氯碱化工分公司、内蒙古大全新能源有限公司和联邦制药（内蒙古）有限公司。

化学与环境工程系现有教职工41人。硕士研究生24人，博士研究生8人，在读博士3人；40岁以下青年教师的学历均在硕士研究生以上；教授1人，副教授6人，高级实验师2人。实验设施能基本满足教学要求和部分科研要求，现有基础化学实验室、化工实验室、分析测试实验室、生态环境实验室、环境保护与资源综合利用（博士科研）实验室、辅助实验室用房等六大类、共有29间实验室用房，共计1740m2，仪器设备总值约500余万元。主要承担应用化学、化学工程与工艺、环境科学与工程、环境生态工程，以及农学、土木等相关专业的学生实验课程，实验开出率100%。另外承担本系教师科研、学生毕业论文实验及开放实验。

    全系依托“生态治理与绿色发展院士工作站”、“功能材料实验室”和“环境友好和生物医用材料重点实验室”开展科学研究。目前科研立项59项，其中国家级2项，自治区级16项，市级12项，校级29项，科研经费共计471余万元。教研立项13项，其中自治区级8项，校级5项。累积发表科研论文79篇，其中SCI收录 7篇、核心19篇；教研论文19篇；申请专利7项；出版教材、专著30部。

    全系面向巴彦淖尔市及内蒙古西部地区，与鄂尔多斯电力冶金股份有限公司、内蒙古君正能源化工有限公司、内蒙古诚信永安化工公司等多家企事业单位建立了校企合作关系，产学研合作基地29个。在我校3+1模式下，前三年学习理论知识，后一年到企业进行轮岗毕业实习及毕业论文（设计）。学生的毕业实习设校企两级导师制。升本以来应用化学专业考研率逐年提高，教育教学质量稳步推进，每年毕业生供不应求，扎实有效地推进学院的转型发展。